男性生殖器畸形多数是先天性疾病，也有部分可能是后天因素引起，比如外力损伤导致的阴茎弯曲、睾丸扭转坏死后摘除等。

男性生殖器畸形最常见的有包皮过长、包茎、睾丸发育不良、隐睾症、阴茎异常弯曲、尿道下裂、输精管缺如等。会直接影响到正常性交导致性交障碍，严重的也会影响到生育能力，甚至直接导致不育。

发现以后能通过手术来解决的尽量是及早手术，年龄越小手术恢复的也越快。性腺发育不良可以选择激素用药，刺激性腺发育。