原发性膀胱输尿管反流的主要原因是输尿管壁内段纵行肌纤维存在缺陷，导致输尿管口外移，导致膀胱粘膜下的输尿管缩短，从而失去了抗反流的机制。

另外，输尿管口形态异常、输尿管开口于膀胱憩室内、异位输尿管口等疾病，也可导致膀胱输尿管口反流。

当症状较轻的反流患者，可保守治疗，嘱患者多次或者定时排尿，减少每次膀胱内储存尿液的量，每次排尿时不能用力，以减轻膀胱压力增高导致的反流，当症状较重时，一般需要行手术治疗。