肺真菌病的治疗包括抗生素药物的应用、去除诱发因素、提高全身抵抗力等，需要手术的不多。

1.肺放线菌病，青霉素治疗本病有效。早期确诊治疗适当的可以痊愈。此外可合用磺胺类药及碘化钾、链霉素、氯霉素也有效。

2.肺曲霉球病 须用两性霉菌B与氟胞嘧啶联合治疗。如已有咯血，必须切除。术间要注意胸腔曲霉菌污染及经支气管播散问题。近年来常用支气管动脉栓塞术控制曲霉菌球的大咯血，疗效较好。

3.肺诺卡菌病，治疗上磺胺嘧啶为首选药物，给药量需足够，疗程6～12个月，1个月后如病情好转可适当减少药量。四环素、多西环素、红霉素及庆大霉素等也有效。