核磁共振检查和CT区别最大的是CT是X线为基础而核磁共振检查以电磁波切割磁力线为基础，一个有辐射，一个没辐射。并且有的疾病只能用CT检查，有的疾病只能核磁共振检查出来，有的两个都能检查出来的时候，核磁共振检查没有辐射，优势更大一些，但是价格要昂贵一些，各有利弊，各有优势。

例如脑出血作为急诊检查项目，临床医生怀疑脑出血，首先做脑CT检查。怀疑有新发梗塞，临床医生首选核磁共振检查。肺部首选肺部CT，核磁共振只能做纵隔，做不了肺部。而且有一些患者做不了核磁共振检查，因为核磁共振是强磁场环境，身体不能有任何金属异物，如心脏起搏器、支架、钢钉、钢板等，所以限制多。