肛拭子采样是人工进行操作的，在采集肛门拭子的时候，首先要告知患者的情况。是通过专业的护士或者是专业的从业人员进行徒手操作的。

采集时，要嘱患者进行侧卧位或者向前趴着，双手稍微掰开臀部，暴露肛门。采集者会用采集棉棒的棒头，充分用生理盐水蘸湿，然后贴着直肠壁插入肛门3~4cm。然后进行旋转，通常顺时针或逆时针旋转10秒钟左右，快速将其拔出，采样完毕。

采样以后，让患者尽量保证充分的放松，并卧床进行适当休息。将采样的棉棒放入到特定的密封容器中，再带到实验室中进行检测。