肠系膜静脉血栓形成的并发症是肠管缺血引起肠坏死、肠穿孔等。肠坏死后渗出物及肠穿孔后肠内容物进入腹腔内，可引起弥漫性腹膜炎，感染严重时会引起休克或者多器官功能衰竭。

肠系膜静脉血栓形成的病情进展较缓慢，临床症状不典型，表现为腹部隐痛不适，大便性状发生改变，病情进一步进展可能会突发持续性剧烈的腹痛，并伴有恶心、呕吐、腹胀、血便、畏寒、发热等表现。

通过血管造影可明确血栓的部位及病变范围，在诊断明确后需尽早治疗，如果已经出现肠坏死或肠穿孔时，需急诊手术。