尿道综合征的尿路刺激症状常常较为突出，容易被误诊为尿道感染或慢性肾盂肾炎而长期误用抗生素。因此对于仅仅有尿路刺激症状而无脓尿或细菌尿的患者应该考虑到尿道综合征。尤其是伴有明显焦虑性神经官能症状患者应该高度怀疑此病。临床上诊断尿道综合征前，应该首先排除大肠杆菌、厌氧菌、支原体、衣原体、结核菌感染的尿路感染，仅凭患者有尿路刺激症状而不做尿培养等检查就诊断尿道综合征是不符合尿道综合征诊断标准的。