临床上没有自身免疫性甲减这个疾病，这种情况一般是指自身免疫性甲状腺炎等疾病导致的甲状腺功能减退期。

大部分的自身免疫性甲状腺疾病如桥本甲状腺炎，在疾病发展过程随着甲状腺组织被大量破坏，开始可以短暂释放大量的甲状腺激素进入血液，患者可能会有一段时间的甲亢症状，随之便会出现甲减的情况。大部分自身免疫性甲状腺炎经过治疗后都能痊愈，痊愈后随着甲状腺细胞的恢复，甲减症状也会随之消失。但如果甲状腺破坏的过多，部分患者可能发生永久性的甲减，这种情况只能口服外源性的甲状腺激素治疗。