铜绿假单胞菌性角膜炎主要是频繁地用高浓度的抗生素眼药水，可以配置14毫克每毫升的妥布霉素或50毫克每毫升的头孢他啶滴眼液联合喹诺酮类药物，如0.3%的氧氟沙星、0.5%的氧氟沙星或加替沙星等等滴眼液频繁应用，最初可以每5分钟一次，持续30分钟，然后每30分钟一次，并根据临床反应减少滴眼次数，全身再应用抗生素如妥布霉素、头孢他啶。

对于溃疡进行性发展，药物治疗效果不佳，角膜后弹力层膨出或穿孔患者则需要先治疗性的角膜移植手术。