疫毒痢的临床表现有发病急骤、腹痛剧烈、里急后重、痢下鲜紫脓血、呕吐频繁、寒战壮热、头痛烦躁、精神极其痿靡，甚至出现四肢厥冷、神志昏蒙或神昏不清、惊厥抽搐、瞳仁大小不等，舌质红绛、苔黄腻或燥、脉滑数或微细欲绝。临床上亦可下痢不重而全身症状重者，突然出现高热、神昏谵语、呕吐、喘逆、四肢厥冷、舌红苔干、脉弦数或微细欲绝。

临床上需要与小儿暑温疫鉴别，后者发生在夏秋季，也有高热、抽搐、昏迷，但其高热不在第一天，并且始终没有脓血便，可鉴别。