急性血吸虫病有发热、肝肿大压痛、腹痛、腹泻等症状，需与伤寒、阿米巴肝脓肿、败血症与结核性腹膜炎等鉴别。血象中嗜酸性粒细胞显著增多有重要的鉴别诊断价值。慢性及晚期血吸虫病应与无黄疸型梅毒性肝炎鉴别。后者食欲减退、乏力、肝区疼痛与肝功能减损较明显，嗜酸性粒细胞不增多，乙型肝炎表面抗原检测阳性。血吸虫病患者有腹泻便血者应与阿米巴痢疾以及慢性菌痢鉴别，前者粪便孵化毛蚴阳性。晚期血吸虫病有巨脾与腹水者不易与门脉性以及坏死性肝硬化鉴别。前者常有慢性腹泻下痢史，黄疸、蜘蛛痣、肝掌较少见，肝功能减损较轻。