牙角化囊肿的治疗主要以手术为主。如果囊肿无法进行彻底的切除，可考虑去除部分骨质，患者在治疗期间还需使用抗生素进行治疗，来预防感染的发生。

牙角化囊肿一旦发生后，就会不断的穿透骨皮质，向软组织造成侵袭，因此一旦确诊后，需要及早进行治疗。

绝大多数患者经过正规有效的治疗后，均可痊愈，但是牙角化囊肿具有比较大的复发性，患者在术后应定期到医院的口腔科进行复查。一旦出现异常情况，应及早进行干预治疗，以此来减少对身体的损害。