恙虫病的确诊要结合患者的疫区旅居史、流行季节、高危职业、焦痂、局部淋巴结肿大、皮疹等典型的临床表现，再结合患者的实验室检查。

确诊的实验室检查可以进行血清免疫学试验，做外斐实验，患者的血清可与变形杆菌OSK株发生凝集反应，在第3~4周时，阳性率可以达到80%~90%。

实验室检查也可以进行分子生物学检测，PCR的方法检测恙虫东方体特异的基因片段，具有敏感性高和特异性强的优点，可以用于早期诊断。也可以进行动物接种，取发病期患者的血液接种于小鼠腹腔，接种后7~9日进行病原体分离。