连续滴两种不同的眼药水有影响。

主要是滴完一种眼药水之后，局部还未有效吸收，就立即滴用另外一种眼药水时，会导致之前的眼药水被冲刷掉，从而影响不同眼药水对眼部的有效作用时间。

所以，临床中指导患者滴用眼药水的时候，都会告诉患者不同的眼药水一定要间隔5~10分钟滴用，所以自己滴用眼药水的时候要注意用药时间。

此外，滴用的时候瓶口一定要悬空，从而避免瓶口接触到眼部组织，导致眼药水瓶口被污染，且开封之后30天就不要再继续使用该眼药水了。