龟头有肉芽考虑以下的原因：

1.珍珠状丘疹。如果这些小肉芽在冠状沟附近，颜色与皮肤相近，肉芽的数量一直没有发生改变，也不伴有瘙痒、疼痛，考虑是珍珠状丘疹引起的。通常与包皮过长，长期受到包皮垢与细菌的刺激有关系，一般不用特殊的治疗，做好局部的卫生即可。

2.尖锐湿疣。如果这些肉芽不断增大，数量不断增多，呈菜花状凸起，伴有瘙痒、疼痛感，考虑是尖锐湿疣。是因为体内感染人乳头瘤病毒引起的，属于性传播疾病。一旦明确诊断后，需及时治疗，避免传染给他人。