肛周脓肿多是由于肛腺感染化脓引起，偶尔也可由于肛门外伤后感染导致。

肛门是众多组织交汇的部位，因此存在着非常多的间隙。当肛腺感染化脓后，脓液会扩散到肛门周围间隙而引起肛周脓肿。当肛门外伤后，伤口感染也可以引起肛周脓肿。

一旦确诊后应该及时的进行手术治疗，任何保守治疗措施仅能暂时缓解症状，而达不到根治的目的。术中要将原发病的感染灶去除，并将脓腔内的脓液引流通畅。每日清洗创腔，静滴抗生素治疗，大约40天左右切口可完全愈合。