肛门胀痛的治疗，主要是根据引起肛门胀痛的疾病种类，进行对症的治疗。

如果肛门胀痛是由于痔疮所引起，可以进行药物的对症治疗。一般是以肛管直肠内使用痔疮膏、痔疮栓为主要的治疗方法，效果不理想可以通过手术进行治疗。如果肛门胀痛是由于肛管直肠周围脓肿所引起，需要完善相关的检查进行手术治疗，目前在临床上多是采用一次性的根治手术。

如果肛门胀痛是由于肛窦发炎所引起，主要就是通过抗生素药物进行对症治疗。也可以使用甲硝唑溶液进行保留灌肠，必要时还可以通过切开引流的方法进行治疗。