偏头痛除疾病本身可造成损害外，还可以进一步导致其它损害。有研究结果提示偏头痛是脑卒中的一项独立危险因素。偏头痛患者发生缺血性卒中、不稳定心绞痛和短暂性脑缺血发作的几率均高于无偏头痛患者。尤其是有先兆偏头痛患者发生卒中的风险更高，还与冠心病的高风险有关。除此以外，偏头痛还可以导致亚临床的脑白质病变，偏头痛患者后循环无症状性脑梗死的发病率升高，头颅磁共振出现脑白质病变的风险比无偏头痛者升高，即使没有脑血管危险因素的年轻偏头痛者，该风险也升高。偏头痛的反复发作还可导致认知功能下降，主要为言语能力的下降。偏头痛还可与多种疾病共患，如癫痫、抑郁症及情感性精神障碍。女性有先兆偏头痛患者出现抑郁以及抑郁伴发焦虑的比例较无先兆偏头痛者高。