怀孕三个多月时流褐色分泌物，出现这种现象的可能有很多种，最常见的原因可能是先兆流产。

发生先兆流产时，阴道的出血量较少，通常为褐色或者暗红色的分泌物以及白带带血丝等，有时还会伴随有腹部的阵发性坠痛或者腰酸等不适。如果在怀孕三个多月出现这种症状，应立即到医院进行相关的检查，在医生的指导下根据具体情况给予对症的保胎治疗。

此外，胎盘前置状态或者宫颈息肉、宫颈糜烂以及阴道炎症等妇科疾病或者孕期合并症等，也会引起在孕三个月流褐色分泌物的症状。