在通常情况下，甲醛中毒会有一部分严重的患者会留下后遗症，但并不是所有的患者都会出现后遗症的情况。仅限于没有及时地就诊或者慢性长期吸入甲醛，造成严重中毒者就会留有后遗症。

主要的后遗症首先是患者会有肺功能不全，肺功能不全通常是因为治疗不及时而引起的呼吸困难，甚至患者出现持续性血氧饱和度不足、氧分压下降。

另外，甲醛吸入以后，还会导致局部组织黏膜出现炎症，引起继发性的细菌性支气管炎。

另外，严重时还会引起患者因为缺氧引发心肌细胞受损，引起心肌细胞的缺血和发痒的状态。