分水岭梗死的病因目前尚不明确，以下因素可能与脑分水岭脑梗死有关，如发作性低血压、颈动脉狭窄或闭塞、血管微栓塞、低氧血症、红细胞增多症、血小板功能异常等，尤其是发作性低血压、颈动脉狭窄或闭塞和血管微栓塞更为重要，可能是主要致病因素。

还有后交通动脉的解剖变异、脑动脉粥样硬化等。还有其他病因，比如血脂增高、高胆固醇血症、高三酰甘油血症、导致脑梗死形成。

糖尿病不仅引起微血管病变，也可以引起大血管病变，从而促发缺血性脑血管病。