当脑炎发作的时候有可能会拉肚子，主要的原因如下：

第一，在脑炎发作前部分患者会出现急性胃肠炎的症状，表现为腹痛、腹泻等。

第二，在脑炎发作后人体的免疫力和抵抗力会下降，这时有可能会引起胃肠道功能紊乱、肠道菌群失调。患者会表现为腹痛、腹泻、食欲不振、呕吐等症状。

第三，当脑炎发病后应用了一些药物，这些药物可能会引起胃肠道的反应而出现腹痛、腹泻等。患者如果出现轻度的腹泻，可以口服蒙脱石散进行对症治疗。