肛门疣用药膏治疗是可能治愈。外用药膏可以选择咪喹莫特软膏、重组人干扰素软膏、阿昔洛韦乳膏、肤轻松乳膏，涂抹在患处，早晚使用。

也可结合口服转移因子、胎盘素、香菇菌多糖片等药物能够调节免疫，提高身体的免疫力。也可口服清热、解毒、利湿、滋阴养血的中药口服治疗。

出现严重的交叉感染时，需要配合激光、电刀进行灼烧、冷冻疗法，必要时也可以做手术切除。因此，肛门疣通过用药膏也是有可能治愈。