妊娠期合并肝内胆汁淤积综合征的病因如下，

第一妊娠期胎盘合成雌激素，孕妇体内雌激素水平大幅增加。雌激素可使Na_K_ATP酶活性下降能量提供减少，导致坛胆酸代谢障碍。雌激素可使肝细胞膜中的胆固醇与磷脂的比例上升，流动性降低影响对胆酸的通透性使得胆汁流出受阻。雌激素作用于肝细胞表面的雌激素受体。改变肝细胞蛋白质合成，导致胆汁回流增加。上述因素综合作用可能导致肝内胆汁淤积综合征的发生。

第二环境与遗传的因素，现在流行病学研究发现，肝内胆汁淤积综合征发病和季节有关，冬季发病率高于夏季，且在母亲或姐妹中有类似发作病史的妇女中，她的发生率明显增加，表明遗传和环境起一定的作用。

第三药物，一些减少胆小管转移胆汁的药物如肾移植后，服用的硫唑嘌呤可以引起肝内胆汁淤积综合征。