肠道病毒71型并不是指病毒只呆在消化道并造成损伤的意思，而是指该病毒主要经消化道传播，且可造成全身性的损害。

如患儿的口腔、手、臀部及足等部位出现疱疹、斑丘疹，伴有发热症状，重症可出现神经源性肺水肿、脑干脑炎及循环功能衰竭等，也是重症致死的原因。

感染EV71后，机体出现血管变态反应和组织炎性病变，当病毒侵犯中枢神经系统后，中枢遭到破坏，还通过免疫损伤、诱导神经元凋亡等途径，损伤神经系统，进而出现脑炎。