肛周脓肿分为瘘管性脓肿和非瘘管性脓肿。

瘘管性脓肿与肛内相通，内口位于肛内，即使脓肿自行破溃，脓液完全流出，遗留内口及瘘管未处理，在内口再次感染时肛周脓肿还是会复发，所以瘘管性脓肿是不能自愈。必须经手术处理好内口及瘘管，将感染的组织彻底清除掉，脓肿才能不会复发。

非瘘管性脓肿不与肛内相通，肛内不存在内口，也没有瘘管，待脓肿自行破溃后，脓液完全流出，坏死组织完全脱落后，脓腔很快就会被结缔组织和肉芽组织填充，而且脓肿不会复发，所以可以治愈，术后应注意保持大便通畅。