淋菌性肛门直肠炎，需要和痢疾鉴别。

发生痢疾的患者可以出现脓血便，而且腹痛的位置为左下腹，和淋菌性肛门直肠炎的症状比较类似，但是淋菌性肛门直肠炎有明显的诱因，性伙伴有淋菌感染病史，发生男男性生活后发病。痢疾属于消化系统的传染病，多是在进食不洁的食物后发病。

淋菌性肛门直肠炎还需要和肛窦炎鉴别，肛窦炎可以表现为排便后的疼痛感。对于无法明确诊断的患者，可以做肛门分泌物的细菌培养，通过细菌培养，可以明确诊断。