反流性食管炎的治疗，不存在最佳的治疗方法，主要的用药原则是根据患者的临床表现选择药物治疗。可以给患者口服助胃肠动力药，以及抑制胃酸分泌的药物，必要时也可能需要使用抗酸药物。

大部分的患者可能需要长期维持治疗，尤其是有食管狭窄的患者，可能需要联合使用质子泵抑制剂，以及H2受体结抗剂维持治疗。

部分患者如果并发了食管狭窄的并发症，有可能需要在胃镜下行食管的扩张手术，否则有可能会导致患者出现进行性的吞咽困难，影响患者的生活质量。