支原体感染主要通过呼吸道传播，健康人吸入了患者咳嗽、打喷嚏时，喷出的口鼻分泌物而感染，引起散发感染或小流行。

支原体肺炎以儿童及青年人居多，婴儿间质性肺炎也应考虑本病的可能，发病前2到3天直至病愈数周，都可在呼吸道分泌物中发现支原体。

支原体通常存在于纤毛上皮之间，不侵入肺实质，通过细胞膜上神经氨酸受体位点，吸附于宿主呼吸道上皮细胞表面，抑制纤毛活动与破坏上皮细胞。支原体的致病性可能与患者对病原体或其代谢产物的过敏反应有关。