脓毒症的后遗症与被侵袭的脏器有关。脓毒症可经血液系统传播，感染全身多脏器。如存在中枢神经系统损伤，经治疗，患者可遗留神经系统病变后遗症，如感觉运动功能障碍、意识障碍。

如果合并肝肾等腹腔内脏器病变，则可遗留慢性腹痛、肝功能异常、肾功能异常等后遗症。如果合并心脏受损，则可形成慢性心功能不全、心律失常等后遗症。

如果存在耳、鼻、眼等位置损伤，可以遗留听力、视力、嗅觉等功能障碍。