衣原体肺炎是由衣原体引起的肺炎。衣原体主要分为沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体等。引起肺炎的多为肺炎衣原体，其症状主要为早期表现为上呼吸道感染的症状。通常症状较轻，可有发热、寒战、肌肉酸痛、咳嗽、多为干咳的症状。还可出现非胸膜炎性的胸痛、头痛、乏力、少部分患者可有咯血。

当发生咽喉炎时表现为咽喉肿痛、声音嘶哑，有些患者开始可表现为咽炎。经过对症处理之后病情好转，1-3周后又出现肺炎或支气管炎，咳嗽的症状逐渐加重。

肺炎衣原体感染时，还可出现肺外表现，比如可引起关节炎、中耳炎、甲状腺炎症、脑炎，以及出现吉兰-巴雷综合征等。此时查体可见肺部闻及闻及湿性啰音，血清学检查可以帮助诊断该病。