引起小儿良性癫痫的主要病因如下：

一、患有先天性的病变会引起这种情况，比如先天性的脑发育畸形、头小脑畸形、巨脑症。

二、患有遗传代谢性病变时也会引起这种情况，比如患苯丙酮尿症、高氨血症，维生素b6依赖症。

三、围产期时发生脑损伤也会引起这种情况。在生产的过程中出现了颅内出血、缺氧以及缺血性脑病时，也会诱发小儿良性癫痫发生的。

四、发生颅内感染情况之后会引发这种现象，发生颅内感染之后对患儿身体造成的影响是比较大的。

患小儿良性癫痫综合征，要及时根据病况对症治疗。