患者服用乙酰半胱氨酸时，最常见的不良反应是反胃和恶心，严重到一定程度还会出现呕吐症状。

大多数患者在一段时间适应药效之后就能有所缓解，流鼻涕和嗜睡感加重也较为常见。在服药期间应谨慎，并避免驾车及重体力活动。乙酰半胱氨酸副作用还表现在注意事项上，由于其为黏液溶解剂，可使痰液液化而易咳出。

患有支气管哮喘者、严重呼吸道阻塞者、严重呼吸功能不全的老年患者禁用乙酰半胱氨酸。