支原体感染的治疗方法重点在于抗感染治疗，即予以有效的抗生素及足疗程的抗感染治疗，才能有效的杀灭支原体感染以及使其疾病得以治愈。临床上通常选用氟喹诺酮类的左氧氟沙星或莫西沙星，大环内酯类的阿奇霉素或罗红霉素，以及四环素类的多西环素抗感染治疗。

如果是由支原体感染形成的肺炎，通常需要两周左右的抗感染时间，配合必要的止咳、祛痰等对症处理，如果出现发热时要予以退热的治疗。

如果是由支原体感染形成的尿路感染，患者的抗感染时间通常需要明显的延长，多需要三周以上的时间。患者同时要多饮水，保持卫生等，通过上述的综合治疗，支原体感染的是可以有效的治愈，并减少其复发。