心肌炎引起腹泻，可以首先采取对症治疗，也就是改善腹泻的症状。可以口服止泻的药物，比如蒙脱石散，也叫做思密达，以及泻立停等。还可以服用调节肠道菌群的药物，比如四联素、美常安、乳酸菌素片等。

除了对症治疗外，最重要的还是清除病因治疗。心肌炎引起的腹泻，主要是因为病毒感染、细菌感染、真菌感染以及寄生虫感染等。

所以，对病因的治疗，就是要抗病毒治疗、抗细菌治疗、抗真菌治疗以及抗寄生虫治疗等。主要的药物有更昔洛韦、左氟氧沙星等等。