鼻咽拭子取标本时是不会把鼻粘膜捅破的，如果鼻粘膜部位充血，取样本以后有可能加重局部充血的症状。

因为釆取下鼻腔深部的分泌物时，使用长棉签以垂直方向插入鼻孔，使棉签在鼻腔内停留15—30秒，然后轻轻旋转3次，取样本时被检查者有可能出现流泪的情况，属于正常生理反射，取样结束后会很快缓解，一般是不需要特殊处理的。

鼻咽拭子可以检查呼吸系统疾病，可以分离出病毒或是细菌的感染，可以指导临床用药，取标本时最好是在用药之前检查，避免影响检查的结果。