颅骨损伤会伴有后遗症。不同类型的颅骨损伤会伴有不同的临床表现，虽然经过综合性的治疗但往往也会遗留有后遗症。

颅盖部以及后颅凹的骨折，如粉碎性或者是凹陷性的颅骨骨折，会引起脑组织不同区域的损伤。导致可能会出现肢体的运动、感觉功能的障碍、癫痫、失语以及步态不稳等。

颅底骨折会引起脑脊液鼻漏或耳漏等症状，会出现嗅觉减退、面瘫、耳鸣、听力减退等后遗症。视神经管的骨折可能会引起视神经受压而导致视神经萎缩，出现视力下降或失明等严重的后遗症发生。