导致眼睛疼不断眨眼的原因比较多，常见的原因包括有：

1.结膜囊或者角膜异物。当眼睛里面进入异物之后，异物残留在局部就会反复刺激眼睛。特别是在眨眼的时候就会出现明显的疼痛感，而眼睛为了缓解异物感就会反复眨眼。

2.倒睫。当睫毛不同于正常睫毛往眼球方向长，就容易一直刺激眼球导致眼睛明显疼痛，同时不断地眨眼。

3.角膜炎或者结膜炎。当眼睛出现细菌感染的时候，就会导致睑板面出现大量增生的滤泡，这个时候也会不断地刺激眼睛。