隐孢子虫病是由于寄生虫感染导致的疾病，患者主要的表现就是肠炎。

有些患者可发生急性的肠炎。患者感染寄生虫后可出现腹泻的症状，腹泻的症状往往较重，每天可达数10次，有些患者为水样便，有些患者为少量脓血，同时可以伴有腹部疼痛的症状。

病情严重的可伴有恶心、呕吐，有些患者可伴有发热。有些患者以慢性腹泻的表现为主，多见于免疫力有缺陷的患者。患者腹泻的时间比较长，可以导致严重的脱水和电解质紊乱。