月经结束后头特别痛的原因有很多，可能与女性激素水平的变化、精神因素刺激和引起头痛的其他的内科疾病的因素有关。

1.女性激素水平的变化。来月经期间女性体内的雌激素水平会降低，而前列腺素的水平会升高。在孕期结束后这些激素水平又会发生波动，可能会引起血管张力的变化，从而出现血管张力性头痛。

2.精神因素刺激。女性在来月经期间生理上会有一些不适，如果工作比较繁忙，生活压力比较大，情绪会有波动，就可能会出现焦虑、紧张和烦躁，出现交感神经兴奋。在月经结束后中枢神经进行自我调整，此时收缩的脑血管开始逐渐扩张，也会出现头痛。

3.其他内科疾病。月经期的女性处于一个特殊的生理时期，机体的抵抗力会比较弱，很容易感受到外界的刺激而发生疾病，比如感冒、胃肠炎等，也有可能会导致月经期全身的不适，包括头痛。

如果月经期结束后头痛反复发作，建议要及时去医院就诊。