巧克力囊肿6公分怀孕是非常危险的。一般巧克力囊肿超过5公分，就算是比较严重的情况了，不适合怀孕。

较大的巧克力囊肿随时可能会发生囊肿蒂扭转或者囊肿破裂，属于急腹症，一旦出现要及时进行手术治疗。如果怀孕过程中，出现此类情况比较凶险，即使怀孕后，还有可能会导致流产或者早产的情况。

如果患有巧克力囊肿，直径超过5公分，建议患者进行囊肿切除术后，再考虑怀孕，以免怀孕过程中出现危险情况，影响胎儿和孕妇的身体健康。