新冠核酸检测采样时会有不适感，为采样刺激所致，属一过性且可以忍受的程度。

新冠核酸检测比较常见的采样部位是咽拭子，是由采样人员用特制的采样棉签在被采样者咽部蘸取分泌物后送检去化验；采样时因为棉签触及咽部，可能会引起被采样者恶心、干呕等不适反应，但多为一过性。

建议采样前两小时避免摄入食物，以免引起呕吐。核酸检测还有对痰液、肺泡灌洗液以及肛拭子等的检查。肺泡灌洗液核酸检查需要在支气管镜检查辅助下进行，属于有创性检查。