阴茎起小疙瘩，应当先明确小疙瘩的类型，然后进行相应处理。

如果是阴茎上出现了珍珠状丘疹，属于良性病变，一般不需要进行治疗。当存在心理障碍时，建议通过冷冻以及激光疗法去除，不会造成太大影响。

如果阴茎上的小疙瘩为毛囊炎所引起，应当对阴茎部位进行清洗，干燥以后，外用红霉素软膏进行治疗，大多在1周左右能够治愈。

阴茎上的小疙瘩还可能为生殖器疱疹，主要为性传播所引起。在确诊以后，应当外用以及口服抗病毒药物进行治疗，并且禁止性生活。