胎儿染色体缺失的原因有很多种，可以分为物理性因素、化学性因素，还有遗传和变异方面等很多原因。物理的因素，比如说电离辐射、房屋装修等，外界环境的影响，化学因素有食物中的添加剂成分或者是各种有毒的塑料制品等等。遗传和变异方面的原因，常见的有夫妻双方有一方，有染色体异常的疾病，有可能通过遗传，导致胎儿畸形和染色体异常或缺失。还有的可见于女性或者是男性，服用了其它的药物，比如说治疗糖尿病的药物、高血压、甲状腺功能紊乱或服用免疫抑制剂等等，都有可能导致遗传物质成分的改变，导致染色体的畸形，还有胎儿发育的异常。