判断新生儿是否有手足口病可以通过以下两个办法：

1.通过临床症状判断。新生儿可能是接触了手足口病的病人，然后出现发热症状，咽峡部、口周、手心、脚心、肛周等可能会先后出现疱疹，伴少许瘙痒，病情严重的可有抽搐、肢体频繁抖动、惊跳等。通过这些典型的临床症状，可初步诊断手足口病。

2.通过实验室检查判断。可以取新生儿的大便化验手足口病病毒，可以检测出手足口病病毒即可诊断。