临床上从伪膜性肠炎患者粪便中分离出难辨梭状芽孢杆菌可产生细胞毒毒素和肠毒性毒素，前者是伪膜性肠炎的重要致病因素，所有这些毒素可导致仓鼠致命的回盲肠炎。

毒素可增加局部肠黏膜血管壁通透性，引起组织缺血坏死，刺激粘液分泌，形成炎性细胞的假膜，难辨梭状芽孢杆菌是一种厌氧革兰氏阳性菌。

广谱抗生素的应用，尤其是林可霉素、克林霉素、氨苄青霉素和羟氨苄西林的应用，使肠道正常菌群受到抑制，难辨梭状芽孢杆菌能迅速繁殖并产生毒素引起疾病。