生化妊娠有一部分的原因是因为胚胎问题而导致，但是并不是所有的生化妊娠都是由于胚胎问题所导致。

母体本身的疾病也会造成生化妊娠，例如子宫巨大肌瘤造成宫腔形态改变、卵巢功能衰退、内分泌失调、甲状腺功能异常、控制不良的高血压和糖尿病等情况，都会引起生化妊娠的可能。而且如果男性的精子质量异常，也会引起生化妊娠。对于生化妊娠的原因，并不是单一的胚胎因素。

建议有生化妊娠的女性，尤其是有过多次生化妊娠的女性，建议在下次计划生育前，男女双方先进行全身的体格检查，再考虑妊娠。