怀孕两个月时，如果患者确定是宫内妊娠，停经在49天之内且孕囊的大小小于2cm时是可以进行药物流产。

如果是宫外孕，在药物流产时可能会引起大出血。如果孕囊比较大，也会引起流产不全的情况发生，需要进行二次清宫手术，将宫内的残留物清除干净，否则容易引起宫内感染。

药物流产相比人工流产，子宫内膜不会形成手术的创面，而人流的好处是清除得比较干净。所以选择哪种流产方式，需要去医院进行相关检查，在医生的建议下选择适合自己的手术方式才会更加安全。