肝-甲状腺综合征的原因不是很明确。近年来通过相关的研究推测，该疾病可能是因为免疫功能遭到破坏，并且机体产生了抗甲状腺抗体、抗肝抗体。

产生上述两种抗体以后，可能会使肝脏以及甲状腺同时发生自身免疫性疾病，可能会使肝脏出现不同程度的纤维化，也可能会使甲状腺呈弥漫性甲状腺炎性改变。

可能会使患者出现肝脏弥漫性肿大，并且有结节，会出现类似门脉高压的临床表现，也可能会出现甲状腺肿大，但无压痛。