口腔溃疡的发生是多种原因造成的，其中包括局部创伤、炎症刺激、不良修复体等。再就是全身因素，如精神紧张、使用某些药物、胃肠功能不好导致营养不良、身体激素水平改变、维生素和微量元素缺乏、身体免疫力太低等。

维生素在口腔溃疡的发生、发展中也可能起到了重要的作用，如缺乏微量元素锌、铁、缺乏叶酸、维生素B12以及营养不良导致体质虚弱，大大增加了口腔溃疡的发病率。

口腔内的血链球菌及幽门螺杆菌等细菌的多少，也与口腔溃疡有很大的关系。